A nemzeti park a Duna Sió-torkolata és az országhatár, valamint a Dráva mentén helyezkedik el. A Duna–Dráva Nemzeti Park 1996-ban jött létre, több, már korábban is védetté nyilvánított terület beolvasztásával. Kiterjedése mintegy 50 000 ha. A nemzeti parkért is felelős Duna–Dráva Nemzeti Park Igazgatóság működési területe kiterjed Baranya és Tolna megye teljes területére, Somogy megyére a Balaton déli partja kivételével valamint kisebb részben Fejér és Bács-Kiskun megyére is. A Dél-Dunántúl legnagyobb része dombság, amelyből szigetként emelkedik ki a Mecsek és a Villányi-hegység. A dombvidéket keletről és délről a Duna és a Dráva hordalékával feltöltött síkságok szegélyezik, így a védelem alatt álló területeken nagyon sokféle élőhely tanulmányozható.